复旦大学出版社成立于1981年，由复旦大学主办，受教育部和上海市新闻出版局双重领导。2001年经教育部和新闻出版总署批准，复旦大学出版社与上海医科大学出版社合并，组建成立新的复旦大学出版社。2009年改制为复旦大学出版社有限公司，系国家教育部主管、复旦大学主办的综合性大学出版社。