学院前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院（1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。医学院现拥有重庆南路、闵行两个校区。共有24个学院（系），7个一级学科博士学位授权点（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、生物学）及4个一级学科博士后流动站。