北京综合中心筹建于2011年10月9日，2012年7月26日经中央机构编制委员会批准正式设立，2017年11月顺利通过院党组筹建验收。北京综合中心主要负责国家重大科技基础设施及院市共建交叉研究平台的规划建设；物质科学、空间科学等六个科学中心在怀柔科学城的规划落实；京区研究所在怀柔科学城相关工作拓展的综合服务。