中心的前身是农业部动物检疫所，成立于1979年，直属国家农业部，是农业部实施全国动物卫生行业管理的技术依托单位。中心为承担重大动物疫病流行病学调查、诊断、监测，动物和动物产品兽医卫生评估，动物卫生法规标准和重大外来动物疫病防控技术措施研究等工作的国家级动物卫生机构。