中心为农业农村部直属公益一类事业单位，为正局级，内设12个处室, 正式编制68名。主要职责是：作为中央财政科技计划项目管理专业机构，负责国家重点研发计划专项及其他科技计划的日常管理工作；承担农业植物新品种权受理、审查和测试工作，负责全国植物新品种标准化技术委员会秘书处日常工作；承担农业生物安全评价、检测和标准制修订工作；完成农业农村部交办的其他工作。