中心是直属中华人民共和国国家卫生健康委员会的政策研究和咨询机构，始建于1991年，前身为卫生部卫生经济研究所，2019年经中央编办和国家卫生健康委批准，更名为国家卫生健康委卫生发展研究中心。中心内设8个研究部和4个职能处室。中心目前是世界卫生组织卫生体系加强合作中心，世界卫生组织分类、术语与标准合作中心，国际日间手术合作联盟成员，国际卫生技术评估联盟成员，亚洲卫生技术评估网络主委会成员，亚太地区卫生费用核算网络成员，亚太地区卫生筹资公平性组织成员。