药物所成立于1958年8月，隶属于中国医学科学院北京协和医学院。药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、药物筛选、药物晶型、药物制剂、药物代谢、新药开发、安全评价等研究科室，具有很强的药物研发能力。建所六十年来，药物所已研制上市新药百余种, 获新药证书130项，其中以人工麝香、高三尖杉酯碱、联苯双酯、双环醇、丁苯酞、金水宝、艾瑞昔布、丹参多酚酸等为代表的原创新药21项。药物所主办学术期刊有《药学学报》、Chinese Chemical Letters (CCL，中国化学快报)、Journal of Asian Natural Products Research (JANPR，亚洲天然产物研究杂志)及Acta Pharmaceutica Sinica B (APSB，药学学报英文刊)，三本英文期刊均为SCI收录期刊。