首都医科大学校本部图书馆始建于1960年，藏书以生物、医药卫生类为主。图书馆每周自习空间开放112小时，借阅处开放84小时，实行开放式借阅服务。目前馆藏总量84.91万余册（件），纸质期刊杂志2280种，图书杂志藏书库8个共5649.7平方米；阅览座位1526个，自习阅览室3个共1562.2平方米，网络阅览室1个共151台计算机位，学术讨论室7个共990平方米，为师生提供了良好的阅读和学习的环境。